A ASAE dispõe de um Manual de Procedimentos de Fiscalização - Manual ProfASAE, que identifica os procedimentos técnicos e administrativos e outras disposições de natureza organizacional, adotados, para cumprimento das atribuições legalmente cometidas no âmbito da segurança alimentar.

As Fichas Técnicas de Fiscalização constituem procedimentos documentados com o objetivo de uniformizar os critérios aplicados durante os controlos oficiais. São dinâmicas e não abrangem toda a legislação específica aplicada a cada sector de atividade, sendo utilizadas como documento de trabalho pelos funcionários da ASAE, que possuem formação adequada para a avaliação global do controlo efetuado.

A execução destas Fichas Técnicas de Fiscalização é da inteira responsabilidade da ASAE. Porém, em nome da transparência e independência que norteia a sua atividade, auscultou diversas associações representativas do sector em causa, com particular destaque para a AIFO, a UNISHNOR, a AIHSA e a ARESP, de onde se destaca a colaboração mais pormenorizada prestada por esta última entidade.

Para garantir um elevado nível de transparência e independência, disponibilizam-se algumas Fichas Técnicas de Fiscalização.

Salienta-se ainda que estas Fichas Técnicas  podem mencionar requisitos que, não sendo obrigatórios, permitem uma caracterização abrangente do estabelecimento visitado.