Os HAPs podem produzir efeitos tóxicos a nível hematológico, a nível da  reprodução e desenvolvimento, e a nível imunológico, mas os aspectos críticos da  sua toxicidade referem-se aos efeitos carcinogénicos e genotóxicos[5,17].

A  evidência de que misturas de HAPs são carcinogénicas para o homem, surgiu  inicialmente em estudos ocupacionais em trabalhadores, após inalação ou  exposição dérmica. Contudo, existem poucos resultados sobre a toxicidade oral  dos HAPs particularmente em águas de consumo humano.

Testes de toxicidade  aguda ou de curto termo, obtidos com animais experimentais mostram que estes  compostos apresentam valores de toxicidade moderada ou baixa.

No que se  refere aos estudos de toxicidade crónica, foi demonstrado que alguns HAPs  apresentam propriedades carcinogénicas e genotóxicas. Contudo, a maior parte dos  estudos de toxicidade, referem-se ao benzo(a)pireno. O benzo(a)pireno é um  pró-carcinogénico, isto é, a sua actividade tóxica depende da sua  transformação metabólica específica. Este composto, pode ser bioactivado ao  metabolito reactivo final 7,8-diol-9,10-epóxido, que tem a capacidade de formar  aductos covalentes com os grupos amina exociclicos das bases do ADN, ligando-se  sobretudo á posição N2 e N7 da guanina. A presença destes aductos pode ter  consequências graves quando a célula entra no ciclo celular e sofre replicação  do ADN. Se o dano não for reparado, este pode conduzir a uma mutação pontual que  ao ocorrer em genes supressores de tumores, pode inibir o controlo do ciclo  celular, induzindo a formação de tumores[5,17,34].

O potencial carcinogénico  relativo dos HAPs foi determinado por comparação de dados dérmicos e o de outros  estudos. A ordem do potencial carcinogénico é consistente, e este esquema, por  esse motivo, fornece um indicador útil do potencial relativo dos HAPs em relação  ao benzo(a)pireno[33].