No que respeita à área da Microbiologia, o LM tem implementados os métodos de ensaio que incluem os parâmetros microbiológicos previstos no Regulamento (CE) Nº 2073/2005 da Comissão (critérios microbiológicos aplicáveis aos géneros alimentícios) e acreditados os métodos de ensaio com maior relevância no âmbito da segurança dos alimentos.

O LM, desde 2012, implementou e acreditou metodologias de Biologia Molecular, para a deteção por PCR em tempo real (Polimerase Chain Reaction) de Salmonella spp., Listeria monocytogenes e Cronobacter spp.

Desde 2014, o LM alargou a sua atividade a um âmbito distinto - a Autenticidade Alimentar. Foram assim implementadas a deteção e quantificação de espécies animais (cavalo, vaca, porco, galinha, peru, pato, ovelha e cabra) e de bacalhaus (bacalhaus do Atlântico e Pacífico e paloco) por PCR em tempo real em Géneros Alimentícios.

Em 2015 foi acreditada, em âmbito flexível de âmbito global, a deteção de organismos por PCR em tempo real em Géneros Alimentícios que inclui, atualmente, os parâmetros microbiológicos já mencionados e a deteção de 8 espécies animais e de 3 espécies de bacalhaus. Assim, o LM passa a centrar a sua atividade em técnicas de Biologia Molecular, permitindo a inclusão de novas determinações, baseadas na amplificação de ADN. Nesta acreditação de âmbito flexível, poderá ser contemplado um vasto conjunto de determinações analíticas, realizadas pela técnica de PCR em tempo real, numa perspetiva de evolução e atualização técnica e científica.

Atualmente, o Laboratório de Microbiologia da ASAE é o único laboratório de controlo oficial com métodos acreditados no âmbito da Autenticidade Alimentar em Géneros Alimentícios.