A ASAE é, além de autoridade nacional de fiscalização das atividades económicas, um órgão de polícia criminal com competência específica na área económica e de segurança alimentar.

Nesta qualidade, a ASAE coadjuva as autoridades judiciárias na investigação criminal e nos atos de inquérito que lhe sejam delegados, nos termos do Código de Processo Penal.

A prevenção e a investigação criminal centra-se nas práticas antieconómicas, promovendo as ações necessárias ao combate da economia oculta ou paralela - incluindo a proteção da propriedade industrial ou intelectual, bem como o fenómeno do jogo ilícito, – e todas as condutas suscetíveis de colocar em causa a qualidade, genuinidade e a segurança dos géneros alimentícios (e outros) tendo em vista a proteção da confiança do consumidor e da saúde pública.